Il citocromo b₆f rappresenta la connessione tra il fotosistema II ed il fotosistema I; è da questo complesso che transitano gli elettroni che serviranno per ridurre il NADP a NADPH oppure verranno utilizzati per alcune reazioni enzimatiche.

Dal punto di vista strutturale il citocromo b₆f è costituito da due dimeri, ognuno dei quali è formato da 4 grandi subunità e 4 piccole subunità. La parte estrinseca del citocromo è localizzata nel lume. Internamente ogni monomero possiede diverse unità di eme e un cluster che contiene due atomi di ferro e due di zolfo, letterariamente identificato come proteina ferro zolfo.

Illustrazione : Flusso elettronico del citocromo b₆f e formazione del chinone radicalico

In un primo momento l'idrochinone QBH₂ trasferisce la propria coppia di elettroni al complesso del citocromo: un elettrone viene donato alla proteina ferro zolfo ed un altro elettrone al citocromo b. La proteina ferro zolfo, a sua volta, cede l'elettrone al citocromo f che lo trasferisce alla plastocianina. L'altro elettrone viene ceduto al citocromo b che lo veicola su un chinone B formando una specie radicalica QB•.

Illustrazione 25: Flusso elettronico del citocromo b₆f e riduzione del chinone radicalico a idrochinone

A questo punto esiste una molecola radicalica che, in quanto tale, è potenzialmente dannosa per la cellula vegetale. Per rimediare a questa situazione, quando una ulteriore molecola di idrochinone arriva al citocromo, un nuovo elettrone viene trasferito alla proteina ferro-zolfo mentre un altro elettrone termina la riduzione della specie radicalica che si era appena formata mettendo a disposizione una nuova molecola di idrochinone. In altre parole un chinone QB dapprima viene ridotto a radicale QB• e successivamente viene ridotto a QBH₂.